3月30日晚間，浙江體育職業技術學院對外宣布：為了避免骨折初愈部位再次受傷，孫楊將退出4月3日開始的全國游泳冠軍賽暨里約奧運會選拔賽。

1月29日在澳洲黃金海岸特訓的孫楊在當天上午的力量課中意外受傷。后經X光片診斷為：右腳第五跖骨骨折。為了不影響奧運備戰，孫楊選擇在受傷第11天就戴著固定支架下水訓練。除此之外，他每天都要依靠雙拐行走，受傷的右腳上還套著厚厚的護具。

3月21日，孫楊拆掉了腳上的固定支架、不再依靠雙拐行走，但為了保險起見，孫楊在行走時還需要護具的保護。而包括起跳、轉身等依靠腳部發力的訓練環節，孫楊還無法進行。

盡管如此，孫楊自我感覺傷勢恢復良好，所以對于即將于4月3日開幕的全國游泳冠軍賽暨里約奧運會選拔賽，個人求賽愿望十分強烈。而他的主管教練張亞東也非常支持弟子出戰本次冠軍賽，只是對他沒有名次要求，“這個比賽對他來說不是必須要游出一個什么樣的名次，也就是一個強度訓練課。”

然而就在孫楊28日對兩個月前受傷的右腳第五跖骨拍片復查后。浙江大學醫學院附屬第二醫院骨科主任戴雪松卻建議孫楊退出冠軍賽。因為X光片顯示孫楊骨折部位正在愈合，新骨在形成，斷端位置良好，但從磁共振來看，右足第五跖骨基骨髓水腫，右踝局部關節囊及右足部分肌腱腱鞘有積液。于是戴主任建議孫楊現階段不要冒險參加任何比賽，“否則萬一再出現新的損傷，就沒有回旋的余地。”

30日晚間，浙江體育技術學院以一份通稿的形式向媒體宣布孫楊退賽的消息。

通報稱，“2016年全國游泳冠軍賽暨奧運選拔賽將于4月3日-10日在廣東省佛山市舉行。我省游泳運動員孫楊由于此前在澳大利訓練備戰中右腳意外受傷，導致第五跖骨骨折。3月25日回國后，請多名醫學專家做了檢查。經兩個月時間的積極治療，骨折已基本愈合，但醫生意見，受傷部位還有局部水腫、腱鞘積液等情況，仍不能承受大強度運動的沖擊。為避免骨折初愈部分再次受到損傷，孫楊將不參加此次比賽，繼續在杭州訓練，全力備戰里約奧運會。目前，孫楊每天正常訓練，訓練水平逐漸恢復，傷腳在轉身、蹬邊時還有一定的影響。”